BioHackerLab
BitLab? BioRaf?
Planlegging
Det har i det siste vært diskusjoner om å starte en egen lab for biologi på Bitraf. Bitraf har allerede medlemmer som jobber med hydroponics/aquaphonics og flere er interessert i ølbrygging. 18 Mai 2016 var det første møtet for folk som er interessert i å starte opp dette. Ønsket er å utvide foreningen med et lokale som egner seg for Gjør-det-selv-biologi og Biologi-hacking som retter seg etter norsk lov og de etiske retningslinjene fremsatt av European DIYbio Congress.
Summary from Bitraf's 1'st MeetUp: https://drive.google.com/file/d/0B5j_-m_-t56rMXNHVVkwVEpUVjg/view
Courses and Equipment: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1M2TKaHVBQ3iLuV55A8JCwTCzPXx_aNDFoxyzZBgSM8o/edit#gid=0
Videre jobbing
De av deltakerne som ønsket å jobbe med dette videre delte seg i to grupper som skal jobbe med Mikrobiologi og Utstyr til labben. Mikrobiologi-gruppen har planer for å jobbe med ølbrygging og klassifisering av gjær med Open PCR.
Utstyr vi ønsker oss
- OpenPCR
- UV-kamera
- Fumehood
- Filter til Fumehood
- Høypresisjons pipetter
- Sentrifuge
- Vortexer
- Fryser
- Elektroforese
- Varmeskap med shaker
- Mikroskop
- Steam cooker for cleaning
- Lab-glass (flasker, rør m.m.)
- Filter-utstyr
- Vekst-medier
- Qubit Spectrometer (or similar)
I tillegg trenger vi også møblene til et slikt lokale. I Pløens Gate 4 finnes det ledige lokaler som man etter hvert kan etablere selve Lab'en i, men dette ligger et stykke fremover i tid. Finansiering må på plass før man kan ta over mere areal.
PCR prosjekt
Hva er PCR?
- Polymerase chain reaction/polymerase kjedereaksjon: https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
- PCR brukes for å kopiere DNA. En PCR-maskin med reagenser er en "kopi-maskin" for DNA.
- PCR kan brukes til å opparbeide (amplifisere) DNA fra naturlige kilder/biologisk materiale for videre bearbeidelse.
- DNA-fragmenter med en kjent sekvens (rekkefølge på nukleotider, "bokstavene" i DNA) i hver ende velges ut og kopieres selektivt.
- Sammensetning og lengde av DNA-tråden mellom start- og sluttpunktet kan variere. Informajson om lengden av DNA-fragmentene (visualiseres ved gel-elektroforese), og om kopiering fant sted (positiv/negativ reaksjon) kan brukes til å gjøre enkle genetiske analyser.
- Opparbeidet DNA kan (gitt god nok mengde og kvalitet) sendes til nærmere analyse av DNA-sekvensen (sekvensering).
Hvorfor gjøre PCR?
- En (relativt) lavterskel aktivitet, med begrenset behov for opplæring, gode muligheter for å lykkes, overkommelige kostnader og få risikomomenter.
- En klassisk molekylærbiologi-teknikk. I daglig bruk verden over. Uunnværlig for molekylærbiologisk forskning og medisinsk diagnostikk. Nobelpris-vinnende.
- Potensiale for praktiske anvendelser med allmenn interesse. F.eks kontroll av artsopprinnelse for matvarer.
Hva trengs for PCR?
Fast utstyr:
- PCR-maskin/thermocycler. Automatiserer temperatureguelering gjennom reaksjonsforløpet. Temperatur-regulering kan i teorien gjøres manuelt med vannbad ved ulike temperaturer, men temmelig langsomt og kjedelig!
- Mikropipette(r)
- Glassflaske (til agarose)
- Mikrobølgeovn, evt. annen varmekilde (til oppvarming av agarose)
For visualisering av DNA-fragmenter:
- Gel-elektroforesekammer
- Strømforskyning
- Transilluminator m/filter og/eller filterbriller
Forbruksmateriale:
- Eppendorf-rør (plastrør, ca. 1.5 mL)
- PCR-rør (plastrør, ca 0.5 mL)
- Pipette-spisser
Reagenser:
- PCR mastermix
- TAE buffer
- DNA-fargestoff
- DNA-ladder (standard-fragmenter til elektroforese)
- DNA primere
- Elektroforese-agarose