BioHackerLab

BitLab? BioRaf?

Planlegging

Det har i det siste vært diskusjoner om å starte en egen lab for biologi på Bitraf. Bitraf har allerede medlemmer som jobber med hydroponics/aquaphonics og flere er interessert i ølbrygging. 18 Mai 2016 var det første møtet for folk som er interessert i å starte opp dette. Ønsket er å utvide foreningen med et lokale som egner seg for Gjør-det-selv-biologi og Biologi-hacking som retter seg etter norsk lov og de etiske retningslinjene fremsatt av European DIYbio Congress.

Summary from Bitraf's 1'st MeetUp: https://drive.google.com/file/d/0B5j_-m_-t56rMXNHVVkwVEpUVjg/view

Courses and Equipment: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1M2TKaHVBQ3iLuV55A8JCwTCzPXx_aNDFoxyzZBgSM8o/edit#gid=0

Videre jobbing

De av deltakerne som ønsket å jobbe med dette videre delte seg i to grupper som skal jobbe med Mikrobiologi og Utstyr til labben. Mikrobiologi-gruppen har planer for å jobbe med ølbrygging og klassifisering av gjær med Open PCR.

Utstyr vi ønsker oss

• OpenPCR
• UV-kamera
• Fumehood
• Filter til Fumehood
• Høypresisjons pipetter
• Sentrifuge
• Vortexer
• Fryser
• Elektroforese-kammer
• Varmeskap med shaker
• Mikroskop
• Steam cooker for cleaning (Autoklav?)
• Lab-glass (flasker, rør m.m.)
• Filter-utstyr
• Vekst-medier
• Qubit Spectrometer (or similar)

I tillegg trenger vi også møblene til et slikt lokale. I Pløens Gate 4 finnes det ledige lokaler som man etter hvert kan etablere selve Lab'en i, men dette ligger et stykke fremover i tid. Finansiering må på plass før man kan ta over mere areal.

PCR prosjekt

Hva er PCR?

• Polymerase chain reaction/polymerase kjedereaksjon: https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
• PCR brukes for å kopiere DNA. En PCR-maskin med reagenser er en "kopi-maskin" for DNA.
• PCR kan brukes til å opparbeide (amplifisere) DNA fra naturlige kilder/biologisk materiale for videre bearbeidelse.
• DNA-fragmenter med en kjent sekvens (rekkefølge på nukleotider, "bokstavene" i DNA) i hver ende velges ut og kopieres selektivt.
• Sammensetning og lengde av DNA-tråden mellom start- og sluttpunktet kan variere. Informajson om lengden av DNA-fragmentene (visualiseres ved gel-elektroforese), og om kopiering fant sted (positiv/negativ reaksjon) kan brukes til å gjøre enkle genetiske analyser.
• Opparbeidet DNA kan (gitt god nok mengde og kvalitet) sendes til nærmere analyse av DNA-sekvensen (sekvensering).

Hvorfor gjøre PCR?

• En aktivitet med relativt lav terskel, med begrenset behov for opplæring, gode muligheter for å lykkes, overkommelige kostnader og få risikomomenter.
• En klassisk molekylærbiologi-teknikk. I daglig bruk verden over. Uunnværlig for molekylærbiologisk forskning og medisinsk diagnostikk. Nobelpris-vinnende.
• Potensiale for praktiske anvendelser med allmenn interesse. F.eks kontroll av artsopprinnelse for matvarer.

Hva trengs for PCR?

Fast utstyr:

• PCR-maskin/thermocycler. Automatiserer temperaturegulering gjennom reaksjonsforløpet. Temperatur-regulering kan i teorien gjøres manuelt med vannbad ved ulike temperaturer, men dette blir temmelig langsomt og kjedelig
• Mikropipette(r). Fortrinnsvis minst én automatpipette med justerbart volum i området 1-10 μL.
• En eller flere flasker til agarose, ca. 250 mL. Fortrinnsvis glass, bør passe i mikrobølgeovn.
• Mikrobølgeovn til oppvarming av agarose, evt. annen varmekilde + magnetrører
• Gel-elektroforesekammer
• Strømforsyning
• Transilluminator m/filter og/eller filterbriller
• Bør ha: Mikrosentrifuge.
• Bør ha: Kjøleskap/fryser til oppbevaring av reagenser (PCR mastermix bør oppbevares frosset) og lage is
• Kjekt å ha: Vanndestillator
• Kjekt å ha: Liten isoporboks eller lignende til å ha is i, for kjøling av prøver under forberedelse.

Forbruksmaterialer:

• Eppendorf-rør (plastrør tilpasset mikrosentrifuge, ca. 1.5 mL)
• PCR-rør (plastrør tilpasset PCR-maskin, ca 0.5 mL)
• Pipette-spisser til automatpipette(r)

Reagenser/kjemikalier:

• PCR mastermix
• TAE/TBE buffer, konsentrert
• DNA-fargestoff (Riktig type med hensyn til transilluminator)
• DNA-ladder (Blanding av DNA-fragmenter med kjent lengde. Brukes som referanse for lengde/størrelse av DNA-fragmenter ved elektroforese.)
• DNA loading dye (Viskøs fargeblanding til utblanding av PCR-produkt før overføring til agarosegel. Kan "hjemmesnekres"?)
• Elektroforese-agarose
• DNA-primere (eksperiment-spesifikke)
• Vann, fortrinnsvis destillert. Evt. flaskevann med lavt mineralinnhold.

Sikkerhetsutstyr:

• Vernebriller
• Engangshansker
• Varmeisolerende hansker e.l. til håndtering av varm agarose
• Fortrinnsvis labfrakk

Sikkerhetsmomenter:

• Strøm gjennom elektroforesekammer (ca. 50-100 V)
• Varm agaroseløsning
• Støtkoking eller glasseksplosjon ved oppvarming av agarose i mikrobølgeovn. Unngås ved å begrense effekt/oppvarmingshastighet, begrense tid under oppvarming og aldri varme opp lukkede flasker/beholdere.
• Potensielt skadelige kjemikalier (eks. Ethidum-bromid, "ETBR") og fargestoff som krever bruk av transilluminator med UV-stråling unngås. Alternativer med lavere risiko og bedre miljøprofil brukes, f.eks "GelGreen" fargestoff (brukes med transilluminator med synlig blått lys, redusert fare for øyeskader/solbrenthet).

Avfallshåndtering, generelt (avhenger av reagensvalg):

• Størknet agarose kastes som restavfall. Flytende agarose må ikke tømmes i avløp, da dette vil størkne ved avkjøling.
• Øvrige flytende reagenser kan helles i avløp
• Forbruksmateriell av plast med eventuelle reagensrester kastes i restavfall
• Utstyr rengjøres med vann etter bruk

Reagenser, mulige leverandører og prisoverslag:

PCR-reagenser:

DongSheng Biotech: http://dongshengbio.com/en/cpjs.asp?classname=PCR%20Products

Taq Mix: http://dongshengbio.com/en/xxcp.asp?id=330/ http://dongshengbio.com/en/UploadFiles/2012516105050871.pdf

Eksempel-bestilling (2014):

Product Name Cat No Description Qty Unit Unit Price Value

Taq Mix (2x) P2011 1 1ml $8.80 $8.80

Water, nuclease-free P9021 1 5x1ml $2.00 $2.00

PCR and DNA Fragment Purification Kit N1091 1 50preps $20.00 $20.00

50bp ladder M1041 1 50ug $16.00 $16.00

6xDNA Loading Dye M9041 1 5x1ml $4.60 $4.60

shipment viaFedEx $55.00

Total $106.40

DNA-fargestoff:

https://biotium.com/technology/gelred-gelgreen-nucleic-acid-gel-stains/

DNA-primere: Macrogen Inc:

Ca. 0.2 EUR/basepar (bp) x ca. 30 bp x 2 primere = ca. 12 EUR Shipping ca 20 Sum ca. 30-40 EUR. (2013-priser)

Artikler, lesestoff, ressurser

• The PCR controls you must use: http://bitesizebio.com/4074/the-pcr-controls-you-must-use/
• Yest colony PCR. Utvalg av protokoller @ OpenWetware: http://openwetware.org/wiki/Yeast_Colony_PCR
• http://www.jove.com/video/3998/polymerase-chain-reaction-basic-protocol-plus-troubleshooting
• http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1080/15216549700202551/pdf
• Simple And Reliable Procedure For PCR Amplification Of Genomic Dna From Yeast Cells Using Short Sequencing Primers: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1080/15216549700202551/pdf
• http://openwetware.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis