BioHackerLab

BitLab? BioRaf?

Planlegging

Det har i det siste vært diskusjoner om å starte en egen lab for biologi på Bitraf. Bitraf har allerede medlemmer som jobber med hydroponics/aquaphonics og flere er interessert i ølbrygging. 18 Mai 2016 var det første møtet for folk som er interessert i å starte opp dette. Ønsket er å utvide foreningen med et lokale som egner seg for Gjør-det-selv-biologi og Biologi-hacking som retter seg etter norsk lov og de etiske retningslinjene fremsatt av European DIYbio Congress.

Summary from Bitraf's 1'st MeetUp: https://drive.google.com/file/d/0B5j_-m_-t56rMXNHVVkwVEpUVjg/view

Courses and Equipment: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1M2TKaHVBQ3iLuV55A8JCwTCzPXx_aNDFoxyzZBgSM8o/edit#gid=0

Videre jobbing

De av deltakerne som ønsket å jobbe med dette videre delte seg i to grupper som skal jobbe med Mikrobiologi og Utstyr til labben. Mikrobiologi-gruppen har planer for å jobbe med ølbrygging og klassifisering av gjær med Open PCR.

Utstyr vi ønsker oss

• OpenPCR
• UV-kamera
• Fumehood
• Filter til Fumehood
• Høypresisjons pipetter
• Sentrifuge
• Vortexer
• Fryser
• Elektroforese
• Varmeskap med shaker
• Mikroskop
• Steam cooker for cleaning
• Lab-glass (flasker, rør m.m.)
• Filter-utstyr
• Vekst-medier
• Qubit Spectrometer (or similar)

I tillegg trenger vi også møblene til et slikt lokale. I Pløens Gate 4 finnes det ledige lokaler som man etter hvert kan etablere selve Lab'en i, men dette ligger et stykke fremover i tid. Finansiering må på plass før man kan ta over mere areal.

PCR prosjekt

Hva er PCR?

• Polymerase chain reaction/polymerase kjedereaksjon: https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
• PCR brukes for å kopiere DNA. En PCR-maskin med reagenser er en "kopi-maskin" for DNA.
• PCR kan brukes til å opparbeide (amplifisere) DNA fra naturlige kilder/biologisk materiale for videre bearbeidelse.
• DNA-fragmenter med en kjent sekvens (rekkefølge på nukleotider, "bokstavene" i DNA) i hver ende velges ut og kopieres selektivt.
• Sammensetning og lengde av DNA-tråden mellom start- og sluttpunktet kan variere. Informajson om lengden av DNA-fragmentene (visualiseres ved gel-elektroforese), og om kopiering fant sted (positiv/negativ reaksjon) kan brukes til å gjøre enkle genetiske analyser.
• Opparbeidet DNA kan (gitt god nok mengde og kvalitet) sendes til nærmere analyse av DNA-sekvensen (sekvensering).

Hvorfor gjøre PCR?

• En (relativt) lavterskel aktivitet, med begrenset behov for opplæring, gode muligheter for å lykkes, overkommelige kostnader og få risikomomenter.
• En klassisk molekylærbiologi-teknikk. I daglig bruk verden over. Uunnværlig for molekylærbiologisk forskning og medisinsk diagnostikk. Nobelpris-vinnende.
• Potensiale for praktiske anvendelser med allmenn interesse. F.eks kontroll av artsopprinnelse for matvarer.

Hva trengs for PCR?

Fast utstyr:

• PCR-maskin/thermocycler. Automatiserer temperaturegulering gjennom reaksjonsforløpet. Temperatur-regulering kan i teorien gjøres manuelt med vannbad ved ulike temperaturer, men dette blir temmelig langsomt og kjedelig!
• Mikropipette(r)
• En eller flere fasker til agarose, ca. 250 mL (fortrinnsvis glass, bør passe i mikrobølgeovn)
• Mikrobølgeovn (til oppvarming av agarose), evt. annen varmekilde + magnetrører
• Bør ha: Mikrosentrifuge.

For visualisering av DNA-fragmenter:

• Gel-elektroforesekammer
• Strømforsyning
• Transilluminator m/filter og/eller filterbriller

Forbruksmateriale:

• Eppendorf-rør (plastrør, ca. 1.5 mL)
• PCR-rør (plastrør, ca 0.5 mL)
• Pipette-spisser

Reagenser:

• PCR mastermix
• TAE buffer
• DNA-fargestoff (riktig type med hensyn til transilluminator)
• DNA-ladder (standard-fragmenter til elektroforese)
• Elektroforese-agarose
• DNA primere (eksperiment-spesifikke)

Sikkerhetsutstyr:

• Vernebriller
• Engangshansker
• Varmeisolerende hansker e.l. til håndtering av varm agarose

Sikkerhetsmomenter:

• Strøm gjennom elektroforesebad (ca. 50-100 V)
• Varm agaroseløsning
• Støtkoking eller glasseksplosjon ved oppvarming av agarose i mikrobølgeovn

Avfallshåndtering, generelt:

• Størknet agarose kastes som restavfall. Flytende agarose må ikke tømmes i avløp, da dette vil størkne ved avkjøling.
• Øvrige flytende reagenser kan helles i avløp
• Forbruksmateriell av plast med eventuelle reagensrester kastes i restavfall