BioHackerLab

Fra Bitraf
Revisjon per 19. jul. 2016 kl. 17:33 av Jarlemag (diskusjon | bidrag) (→‎Bioinformatikk)
Hopp til navigering Hopp til søk

BitLab? BioRaf?

See also our chat channel #biohackers on bitraf.slack.com. To join, send yourself an invitation at https://bitraf.no/slack-invite/

Innhold

Planlegging

Det har i det siste vært diskusjoner om å starte en egen lab for biologi på Bitraf. Bitraf har allerede medlemmer som jobber med hydroponics/aquaphonics og flere er interessert i ølbrygging. 18 Mai 2016 var det første møtet for folk som er interessert i å starte opp dette. Ønsket er å utvide foreningen med et lokale som egner seg for Gjør-det-selv-biologi og Biologi-hacking som retter seg etter norsk lov og de etiske retningslinjene fremsatt av European DIYbio Congress.

Summary from Bitraf's 1'st MeetUp: https://drive.google.com/file/d/0B5j_-m_-t56rMXNHVVkwVEpUVjg/view

Courses and Equipment: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1M2TKaHVBQ3iLuV55A8JCwTCzPXx_aNDFoxyzZBgSM8o/edit#gid=0

Avholdte meetups

  • 27. juni 2016: Bruk av DNA-elektroforeseutstyret ble demonstrert, og de fleste fikk prøve pipettering av DNA til gel'en. Heikki presenterte utkast til brev til mulige sponsorer og tok i mot tilbakemeldinger.
Resultat av gel-elektroforese demonstrert på meetup 27.06.16. Spor #1 og 4-7 fra venstre: Dongsheng Biotech 1kb ladder (~5 uL). Spor 2,3 og 8: Dongsheng Biotech 50bp ladder (~5 uL). Bildet er tatt av Heikki Sørum.
  • 11. juli 2016: http://www.meetup.com/bitraf/events/232455024/. We performed PCR using 3 different yeast samples. As it became pretty late, the PCR samples were put in the freezer for later electrophoresis and checking of the results. To have something to look at, we performed electrophoresis of samples from the previous two PCR runs.

Planlagte meetups

Monday August 1 2016: DIY Biolab: Using basic bioinformatics Tools; PyMOL: http://www.meetup.com/bitraf/events/232677504/

Videre jobbing

De av deltakerne som ønsket å jobbe med dette videre delte seg i to grupper som skal jobbe med Mikrobiologi og Utstyr til labben. Mikrobiologi-gruppen har planer for å jobbe med ølbrygging og klassifisering av gjær med Open PCR.

Result from PCR experiment 05 july 2016 to copy the 5.8S rRNA gene RDN58 and flanking ITS regions from yeast (S. cerevisae). Primers used were ITS1 (TCCGTAGGTGAACCTGCGG) and ITS4 (TCCTCCGCTTATTGATATGC). Primers were supplied by Macrogen Inc. Primer target concentration: 0.5 uM each. From left: DSBio 1kb ladder (5 uL), DSBio 50bp ladder (5 uL), PCR sample 1 (10 uL), PCR sample 2 (10 uL), PCR negative control (no template) sample (~5-10 uL). Electrophoresis at 75V for ~45 min on 1 % agarose with GelGreen DNA stain. Visualized with DarkReader DR22 transilluminator. PCR performed 05.07.16 with OpenPCR and DongSheng Biotech Taq mix. Reaction volume 50 uL. Template source is store bought dry yeast (Idun tørrgjær). Template source was prepared by dissolving 0.1 g dry yeast in 10 mL distilled water, and incubating 50 uL of the resulting yeast solution in a PCR tube at 98C for 10 min in openPCR. For PCR sample 1 and 2, 1 uL and 2 uL of the supernatant after incubation was added to the reaction mix, respectively. PCR program was as follows: Initital denaturation: 94C for 3 min. Repeated cycles: Denaturation: 94C for 30s. Anneal: 55.5C for 30s. Extension: 72C for 1 min. Final extension: 72C for 10 min. 35 cycles. Total run time: ~2h 20 min.

Utstyr vi har

  • 1x OpenPCR
  • Automatpipetter for områdene 1-10, 10-100 og 100-1000 uL. (2 sett)
  • 1x Mikrosentrifuge for 1.5 mL-rør
  • 1x Vortex mixer
  • Elektroforese-kammer: 2x Carolina deluxe electrophoresis chamber
  • Elektroforesestrømforsyning: 1x BioRad PowerPac Basic.
  • 1x DarkReader DR22A blue light transilluminator
  • Mikrobølgeovn
  • Mikroskop: 1x Bresser Erudite DLX (ikke på Bitraf for øyeblikket)
  • Vanndestillasjonsapparat
  • Vannbad
  • Varmeplate med magnetrører
OpenPCR
Electrophoresis equipment: Carolina deluxe gel chamber and BioRad PowerPac power supply. Bottles with 10x TAE buffer and electrophoresis-grade agarose (small bottle) are also visible.
Set of micropipettes; 1-10, 10-100 and 100-1000 uL. LHP brand (Liquid Handling Products).

Utstyr vi ønsker oss

  • UV-kamera: Kan ved bruk av GelGreen og tilsvarende DNA-fargestoffer erstattes med transilluminator med synlig (blått) lys. Har 1x Dark Reader blue light transilluminator
  • Sentrifuge: Høyhastighetssentrifuge(r) for 1.5 mL- , 10 mL- og 50 mL-rør.
  • Fryser (ideelt -20 C)
  • Kjøleskap
  • Varmeskap med shaker
  • Varmeblokk
  • Steam cooker for sterilisering (Autoklav)
  • Lab-glass (flasker, rør m.m.)
  • Filter-utstyr
  • Vekst-medier
  • Qubit Spectrometer (or similar)
  • Stereo mikroskop med minimum 400X. Ideelt et fasekontrast (phase contrast) mikroskop så vi kan se bakterier uten å måtte bruke fargestoffer.
  • Ionebytter eller destillasjonsapparat for produksjon av rent vann.

I tillegg trenger vi laboratoriemøbler/inventar som f.eks.:

  • Stålbenk/utslagsvask
  • Fumehood / labbenk
  • Filter til Fumehood
  • Oppvaskmaskin

PCR prosjekt

Hva er PCR?

  • Polymerase chain reaction/polymerase kjedereaksjon: https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
  • PCR brukes for å kopiere DNA. En PCR-maskin med reagenser er en "kopi-maskin" for DNA.
  • PCR kan brukes til å kopiere opp (amplifisere) DNA fra naturlige kilder/biologisk materiale for videre bearbeidelse eller analyse.
  • DNA-fragmenter med en kjent sekvens (rekkefølge på nukleotider, "bokstavene" i DNA) i hver ende velges ut og kopieres selektivt.
  • Sammensetning og lengde av DNA-tråden mellom start- og sluttpunktet kan variere. Informajson om lengden av DNA-fragmentene (visualiseres ved gel-elektroforese), og om kopiering fant sted (positiv/negativ reaksjon) kan brukes til å gjøre enkle genetiske analyser.
  • Opparbeidet DNA kan (gitt god nok mengde og kvalitet) sendes til nærmere analyse av DNA-sekvensen (sekvensering).

PCR visualization: https://www.youtube.com/watch?v=2KoLnIwoZKU

Hvorfor gjøre PCR?

  • En aktivitet med relativt lav terskel, med begrenset behov for opplæring, gode muligheter for å lykkes, overkommelige kostnader og få risikomomenter.
  • En klassisk molekylærbiologi-teknikk. I daglig bruk verden over. Uunnværlig for molekylærbiologisk forskning og medisinsk diagnostikk. Nobelpris-vinnende.
  • Potensiale for praktiske anvendelser med allmenn interesse. F.eks kontroll av artsopprinnelse for matvarer.

Hva trengs for PCR?

Fast utstyr:

  • PCR-maskin/thermocycler. Automatiserer temperaturegulering gjennom reaksjonsforløpet. Temperatur-regulering kan i teorien gjøres manuelt med vannbad ved ulike temperaturer, men dette blir temmelig langsomt og kjedelig
  • Mikropipette(r). Fortrinnsvis minst én automatpipette med justerbart volum i området 1-10 μL.
  • En eller flere flasker til agarose, ca. 250 mL. Glass eller varmebestandig plast, bør passe i mikrobølgeovn.
  • Mikrobølgeovn til oppvarming av agarose, evt. annen varmekilde + magnetrører
  • Gel-elektroforesekammer
  • Strømforsyning
  • Transilluminator m/filter og/eller filterbriller
  • Bør ha: Mikrosentrifuge.
  • Bør ha: Kjøleskap/fryser til oppbevaring av reagenser (PCR mastermix bør oppbevares frosset) og lage is
  • Kjekt å ha: Vanndestillator
  • Kjekt å ha: Liten isoporboks eller lignende til å ha is i, for kjøling av prøver under forberedelse.

Forbruksmaterialer:

  • Eppendorf-rør (plastrør tilpasset mikrosentrifuge, ca. 1.5 mL)
  • PCR-rør (plastrør tilpasset PCR-maskin, ca 0.5 mL)
  • Pipette-spisser til automatpipette(r)

Reagenser/kjemikalier:

  • PCR mastermix
  • TAE/TBE buffer, konsentrert
  • DNA-fargestoff (Riktig type med hensyn til transilluminator)
  • DNA-ladder (Blanding av DNA-fragmenter med kjent lengde. Brukes som referanse for lengde/størrelse av DNA-fragmenter ved elektroforese.)
  • DNA loading dye (Viskøs fargeblanding til utblanding av PCR-produkt før overføring til agarosegel. Kan "hjemmesnekres"?)
  • Elektroforese-agarose
  • DNA-primere (eksperiment-spesifikke)
  • Vann, fortrinnsvis destillert. Evt. flaskevann med lavt mineralinnhold.

Sikkerhetsutstyr:

  • Vernebriller
  • Engangshansker
  • Varmeisolerende hansker e.l. til håndtering av varm agarose
  • Fortrinnsvis labfrakk

Sikkerhetsmomenter:

  • Strøm gjennom elektroforesekammer (ca. 50-100 V)
  • Varm agaroseløsning
  • Støtkoking eller glasseksplosjon ved oppvarming av agarose i mikrobølgeovn. Unngås ved å begrense effekt/oppvarmingshastighet, begrense tid under oppvarming og aldri varme opp lukkede flasker/beholdere.
  • Potensielt skadelige kjemikalier (eks. Ethidum-bromid, "ETBR") og fargestoff som krever bruk av transilluminator med UV-stråling bør unngås. Alternativer med lavere risiko og bedre miljøprofil bør brukes, f.eks "GelGreen" fargestoff (brukes med transilluminator med synlig blått lys, redusert fare for øye/hudskader).

Avfallshåndtering:

Avhenger av reagensvalg! Individuell vurdering må gjøres for hvert stoff. Generelt:

  • Størknet agarose kastes som restavfall. Flytende agarose må ikke tømmes i avløp, da dette vil størkne ved avkjøling.
  • Brukte bufferløsninger kan helles i avløp
  • Forbruksmateriell av plast med eventuelle reagensrester kastes i restavfall
  • Utstyr rengjøres med vann etter bruk

Reagenser, mulige leverandører og prisoverslag:

PCR-reagenser:

DongSheng Biotech: http://dongshengbio.com/en/cpjs.asp?classname=PCR%20Products

Taq Mix: http://dongshengbio.com/en/xxcp.asp?id=330/ http://dongshengbio.com/en/UploadFiles/2012516105050871.pdf

Eksempel-bestilling (2014):

Product Name Cat No Description Qty Unit Unit Price Value

Taq Mix (2x) P2011 1 1ml $8.80 $8.80

Water, nuclease-free P9021 1 5x1ml $2.00 $2.00

PCR and DNA Fragment Purification Kit N1091 1 50preps $20.00 $20.00

50bp ladder M1041 1 50ug $16.00 $16.00

6xDNA Loading Dye M9041 1 5x1ml $4.60 $4.60

shipment viaFedEx $55.00

Total $106.40

DNA-fargestoff:

GelGreen:

https://biotium.com/technology/gelred-gelgreen-nucleic-acid-gel-stains/

GelGreen, Carolina.com: http://www.carolina.com/biotechnology-electrophoresis-reagents/gel-green/217305.pr?question= (ca. $64.50 + shipping / 150 uL 10 000 x konsentrasjon. Nok til ca. 30-40 agarose-geleer.)

Suggested protocols for working with GelGreen: http://embitec.com/downloads/Suggested_Protocols-GelGreen.pdf

GelRed-GelGreen Safety report: http://biotium.com/wp-content/uploads/2013/07/GR-GG-Safety.pdf

Elektroforese-buffer:

TAE (Tris/Acetate/EDTA)-buffer, Promega: https://no.promega.com/products/biochemicals-and-labware/biochemical-buffers-and-reagents/tae-buffer_-molecular-biology-grade-_tris_acetate_edta_/ (390 kr/1000 mL 10x konsentrasjon = 39 kr/L ferdig buffer)

TAE elektroforesebuffer 50 x, Frederiksen Scientific: http://no.frederiksen.eu/shop/product/tae-elektroforesebuffer-50x (1 250 kr/ 500 mL 50x konsentrasjon = 50 kr/L ferdig buffer

TBE (Tris/Borate/EDTA)-buffer kan også brukes.

Elektroforese-agarose:

Agarose, 10 g, Frederiksen Scientific: http://no.frederiksen.eu/shop/product/agarose--10-g (kr 319 + frakt. Nok til ca. 10 agarose-gel'er (Gitt 50 mL 2 % agarose). Temmelig dyrt...Har tidligere kjøpt 100g på eBay for USD 40 + frakt.

DNA-primere: Macrogen Inc:

Ca. 0.2 EUR/basepar (bp) x ca. 30 bp x 2 primere = ca. 12 EUR Shipping ca 20 Sum ca. 30-40 EUR. (2013-priser)

Artikler/protokoller og lesestoff

DNA Learning Center Biology Animation Library - Polymerase Chain Reaction: https://www.dnalc.org/resources/animations/pcr.html

Possible sub-projects/experiments

In rough order of increasing difficulty/complexity?

  • Electrophoresis demonstration/equipment test: Demonstrate/test equipment and reagents for agarose gel electrophoresis. Separate and visualize DNA fragments of known size (DNA ladder).
  • PCR demonstration/equipment test: Demonstrate/test equipment and reagents for PCR and agarose gel electrophoresis. Amplify DNA fragment of known expected size from purified DNA or from biological material (yeast?). Visualize and determine size/length of the DNA fragment(s) by agarose gel electrophoresis.
  • Animal tissue/foodstuff species identification: Demonstrate/test identification of DNA from a suspected/known species in raw or processed food (ex, horsemeat).


DIY PCR-maskiner - Eksisterende design og prosjekter

http://openpcr.org/

https://www.kickstarter.com/projects/563115656/3d-printer-into-pcr-machine-conversion

Arduino PCR thermal cycler for under $85: http://www.instructables.com/id/Arduino-PCR-thermal-cycler-for-under-85/?ALLSTEPS

"Coffee Cup PCR": http://www.instructables.com/id/Coffee-Cup-PCR-Thermocycler-costing-under-350/?ALLSTEPS

http://www.popsci.com/diy/article/2013-04/gene-machine

Tilgjengelige primere

Navn Sekvens Beskrivelse Lengde Templat
Ec_lld_Rev GTTTCTTCCTGCAGCGGCCGCTACTAGTAtgcaggtctcctggagtccacgc REV-primer for E. coli lld promoter + RBS. Se http://2012.igem.org/Team:NTNU_Trondheim/Experiments_and_Results 52 E. coli
Ec_lld_FWD GTTTCTTCGAATTCGCGGCCGCTTCTAGAGcacattcctataggccgagtaaggt FWD-primer for E. coli lld promoter + RBS. 55 E. coli
Fd2trim GAGTTTGATCATGGCTCAG Wide-range bacterial.
Porcine FWD + Porcine REV [2]

MEATF + MEATR [2]

HorseSSR-FWD + HorseSSR-REV [2]:

FWD: 5'-TTC TGC TCT GGG TGT GCT ACT T-3' (22mer) REV: 5'-CTA CTT CAG CCA GAT CAG GC-3' (20mer)

S-D-Bact-0515-a-A-19 + S-D-Bact-0341-b-S-17 [1]

S-D-Bact-0515-a-A-19: 5'-TTA CCG CGG CTG CTG GCA C-3' (19mer) S-D-Bact-0341-b-S-17: 5'-CCT ACG GGN GGC WGC AG-3' (17mer)


[1]: See http://openwetware.org/wiki/User:Jarle_Pahr/16S_RNA

[2]: See http://openwetware.org/wiki/User:Jarle_Pahr/Meat

Primers of interest / Shopping list

Yeasts:

"V9D (5'-TTAAGTCCCTGCCCTTTGTA-3') and LS266 (5'-GCATTCCCAAACAACTCGACTC-3') are used to amplify an 800-1300 bp fragment that encompasses a portion of the 18S and 28S rRNA genes and the entire intervening ITS1, 5.8S and ITS2 rRNA regions." (Todd M Pryce. "Universal Detection and Identification of Fungi by PCR and DNA sequencing" in PCR for Clinical Microbiology, SpringerLink 2010.)

ITS 1 (5' TCCGTAGGTGAACCTGCGG 3') + ITS4 (5' TCCTCCGCTTATTGATATGC 3'). " In the present study, the restriction patterns generated from the region spanning the internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and the 5.8S rRNA gene were used to identify a total of 132 yeast species belonging to 25 different genera, including teleomorphic and anamorphic ascomycetous and basidiomycetous yeasts." (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10028278, full text available through ResearchGate).

ITS1 and ITS4 available (10 USD for 100 reactions) from The ODIN: http://www.the-odin.com/fungal-its-pcr-primers-for-identification-and-barcoding/


E. coli:

rrnB p1_74bp_FWD_R caaccggtgttgcgcggtcagaaaatta rrnB p1_74bp_REV_R gtacatgtagtggtggcgcattatagg

Gives a short fragment.

pSB-M1g/pJP-1 plasmids:

pSB-SeqA/GFP-END-LVA-REV. Sequencing of and/or PCR demonstration using plasmid pSB-M1g. PCR from pSB-M1g without adding LVA tag should give fragment of aprox. 800 bp (size of GFP ORF + ~ 1 bp upstream).

pSB-SeqA: tgcaagaagcggatacag

GFP-END-LVA-REV: agaggatcccttaagttaagctactaaagcgtagttttcgtcgtttgctgctttgtatagttcatccatgcc (LVA sequence can be removed from the 5' end).

For PCR from pJP-1, replace pSB-seqA with pJP-1_seq5 (binding site is upstream of AgeI, as such this site is preserved from pSB-mg1, and this primer combination can also be used with pSB-mg1 for a longer PCR fragment)

HMS

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55884/

El-sikkerhet

https://www.physics.ohio-state.edu/~p616/safety/fatal_current.html

Ved nødsfall

Giftinformasjonsentralen, døgnåpen vakttelefon: 22 59 13 00.

Legevakt: 116 117

Avfallshåndtering

Hva er farlig avfall? Se Forskrift om gjenvinning og behandling av avfall (avfallsforskriften) kapittel 11, Farlig avfall.I henhold til forskriftens §11-2 er farlig avfall definert som

  • a) avfall som skal klassifiseres som farlig i henhold til vedlegg 1 til kapitlet,
  • b) annet avfall som skal klassifiseres som farlig i henhold til vedlegg 2 nr. 1 til kapitlet.

Avfallsbesitter har ansvaret for å vurdere om avfallet omfattes av bestemmelsene i dette kapitlet.

Vedlegg 1 til forskriftens Kapittel 11 er Den europeiske avfallslisten (EAL). EAL angir at:

Som hovedregel skal avfall fra virksomheter m.m. som nevnt i kapittel 01 til 12 eller 17 til 20 i avfallslisten identifiseres ved hjelp av de sekssifrede avfallskodene i disse kapitlene.

Avfall som skal identifiseres ved hjelp av en avfallskode som er merket med stjerne, skal klassifiseres som farlig avfall med mindre Miljødirektoratet eller den Klima- og miljødepartementet bemyndiger har bestemt noe annet i medhold av § 11-2 tredje ledd.

Vedlegg 2 til forskriftens Kapittel 11angir Kriterier som gjør avfall farlig.

Punkt 1 av Vedlegg 2, Egenskaper som gjør avfall farlig, lyder som følger:

Ved vurderingen av om avfall som nevnt i § 11-2 bokstav b og vedlegg 1 nr. 3 annet ledd bokstav a skal klassifiseres som farlig, gjelder vedlegg III til direktiv 2008/98/EF (engelsk versjon) som endret ved forordning (EU) nr. 1357/2014, med unntak for HP 1, HP 9 og HP 15.(...)

Farlige stoffer:

Begrepet "farlige stoffer" brukes i forskriften. Hva er farlige stoffer? I henhold til forskriftens §11-3 er farlige stoffer definert som

stoffer som skal klassifiseres som farlige i henhold til forordning (EF) nr. 1272/2008 artikkel 3, jf. forskrift 16. juni 2012 nr. 622 om klassifisering, merking og emballering av stoffer og stoffblandinger (CLP).

I henhold til forordning (EF) nr 1272/2008 artikkel 3 er farlige stoffer definert som

A substance or a mixture fulfilling the criteria relating to physical hazards, health hazards or environmental hazards, laid down in Parts 2 to 5 of Annex I is hazardous and shall be classified in relation to the respective hazard classes provided for in that Annex.


Håndtering og levering av farlig avfall:

Det er ikke tillatt å fortynne farlig avfall for å komme under grenseverdiene, jf. DIRECTIVE 2008/98/EC artikkel 7 punkt 4.

Avfallsforskriftens § 11-5 først og andre ledd lyder som følger:

Farlig avfall skal tas hånd om på en forsvarlig måte. Alle som oppbevarer, transporterer eller håndterer farlig avfall, skal treffe nødvendige tiltak for å unngå fare for forurensning eller skade på mennesker eller dyr.

Farlig avfall skal ikke blandes sammen med annet avfall. Ulike typer farlig avfall skal ikke sammenblandes dersom dette kan medføre fare for forurensning, eller skape problemer for den videre håndteringen av avfallet.

Forskriftens §11-8 første ledd lyder som følger:

Virksomhet hvor det oppstår farlig avfall, skal levere dette til den som etter § 11-6 og § 11-7 kan håndtere avfallet, eller til virksomhet utenfor Norge i henhold til reglene om grensekryssende transport av avfall i kapittel 13. Det farlige avfallet skal leveres minst 1 gang pr. år. Plikten inntrer ikke før den totale mengden farlig avfall overstiger 1 kg.

Forskriftens §11-12 første punktum lyder som følger:

Virksomhet som leverer farlig avfall skal gi tilstrekkelige opplysninger om avfallets opprinnelse, innhold og egenskaper, slik at den videre håndteringen av avfallet kan skje på en forsvarlig måte.


Se også http://www.miljodirektoratet.no/no/Tjenester-og-verktoy/Veileder/Klassifisering-av-farlig-avfall-basert-pa-innhold-av-farlige-stoffer/

Se også https://www.mn.uio.no/kjemi/forskning/grupper/skole/ressurser/hms/kjemikalier-grunnskole/kjemikalier-ungdomstrinn/avfallsbehandling.pdf

Noen avfallskategorier som kan tenkes å være aktuelle:

  • 06 02 04 natrium- og kaliumhydroksid
  • 06 02 05 andre baser
  • 06 01 06 andre syrer
  • 20 01 13 løsemidler
  • 20 01 14 syrer
  • 20 01 15 baser

Aktuelle kjemikalier

Tris

http://echa.europa.eu/substance-information/-/substanceinfo/100.000.969

Faresetninger: H315, H319, H335

Konsentrasjonsgrenseverdier for klassifisering som farlig avfall iht. COMMISSION REGULATION (EU) No 1357/2014 :

H315 & H319: 20%

H335: 20%

Eddiksyre

Faresetninger: H226, H314

Konsentrasjonsgrenseverdier for klassifisering som farlig avfall iht. COMMISSION REGULATION (EU) No 1357/2014 :

H226: N/A. Brannfarlighet må vurderes i hvert enkelt tilfelle.

H314: For farlig avfall klasse HP4 - 1%; For farlig avfall klasse HP8 - 5%

(Når avfall inneholder ett eller flere stoffer klassifisert som Skin corr. 1A, 1B eller 1C (H314) og summen av konsentrasjonene er høyere enn eller lik 5 %, skal avfallet klassifiseres som farlig avfall av typen HP 8.)


Ethylenediaminetetraacetic acid, disodium salt dihydrate (EDTA)

Faresetninger: H332, H373, H302, H315, H319,

Konsentrasjonsgrenseverdier for klassifisering som farlig avfall iht. COMMISSION REGULATION (EU) No 1357/2014 :

H332: 22,5%

H373: 10%

H302: 25%

H315 & H319: 20%

Minste grenseverdi: 10%

DMSO

Aktuelle stoffblandinger

TAE buffer

Blanding av Tris-Acetate-EDTA. Se aktuelle kjemikalier for grenseverdier for de enkelte stoffene til bruk ved vurdering av klassifisering som farlig avfall. Typiske konsentrasjoner i 50x konsentret buffer kan være:

Tris: ~25% Eddiksyre: ´~6 %. EDTA: <1%.

Jf. begrensende grenseverdier for Tris, Eddiksyre og EDTA basert på disses faresetninger og lik henholdsvis 20%, 1% og 10% vil innholdet av Tris og eddiksyre dermed sannsynligvis medføre at konsentrert, ufortynnet 50X TAE buffer må klassifiseres som farlig avfall ved avhending. Se Aktuelle kjemikalier.

For 10X TAE buffer vil de aktuelle konsentrasjonene være ca.:

Tris: ~5% Eddiksyre: 1,2% EDTA: <0.2%

På grunn av innholdet av eddiksyre vil dermed også 10X TAE buffer sannynligvis klassifiseres som farlig avfall ved avhending.

Konsentrert buffer fortynnes typisk til 1x før bruk. Brukt buffer vil dermed sannsynligvis ikke inneholde konsentrasjoner av de nevnte stoffene over grenseverdiene, og kan i såfall avhendes som vanlig avfall. (OBS: Det er ikke tillatt å fortynne farlig avfall med den hensikt å komme under grenseverdiene).

Påkrevd piktogram iht. CLP: GHS07

Sikkerhetsdatablader

EU-krav til sikkerhetsdatablader er gitt i Annex II til REACH: http://eur-lex.europa.eu/legal-content/en/TXT/PDF/?uri=CELEX:02006R1907-20160401

Se også EHCA Guidance on the compilation of safety data sheets: http://echa.europa.eu/documents/10162/13643/sds_en.pdf

GelGreen: http://biotium.com/wp-content/uploads/2013/07/MSDS-41005.pdf

DSView Nucleic acid stain: https://drive.google.com/open?id=0B9aq85qBYTsWbUJCYTZNTzNHSFFTS1BvdzB0bWZ0NTZjby04

DSBio Taq mix (2x) P2011,P2012: https://drive.google.com/open?id=0B9aq85qBYTsWS1JlUS03V19WUHJGY21OWFVmTHhYSmhIQXVj

DSBio 50 bp ladder: https://drive.google.com/open?id=0B9aq85qBYTsWSDlxR2Vra1ZiUUdFRlpNeFduSHl2TzZnUC1Z

Notis: Inneholder 1-5% 2-amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol, faresetninger Xi, R 36/37/38. (H319/H335/H315) (irriterende). Ufortynnet produkt klassifiseres derfor som farlig avfall klasse HP4., jf. Annex III to Directive 2008/98/EC som revidert ved EU-direktiv 1357/2014

DSBio gel loading dye: https://drive.google.com/open?id=0B9aq85qBYTsWRWk3Qk5jVmJfWlc0NUswTVU4eGVLbk9rS2xB

DSBio NF water: https://drive.google.com/open?id=0B9aq85qBYTsWS1JlUS03V19WUHJGY21OWFVmTHhYSmhIQXVj

National Diagnostics TAE 50x: http://www.nationaldiagnostics.com/msds_pdfs/sds_product10.php?cat_num=EC-872

Merck Millipore agarose for elektroforese: http://www.merckmillipore.com/INTERSHOP/web/WFS/Merck-INTL-Site/en_US/-/USD/ShowDocument-File?ProductSKU=MDA_CHEM-116802&DocumentType=MSD&Language=NO&Country=NO

Faremerking

https://www.pervaco.no/skilt-fundament/ghs-clp-skilt

http://www.miljodirektoratet.no/no/Publikasjoner/Publikasjoner/2011/Mars/Klassifisering_og_merking_i_CLP/

http://www.erdetfarlig.no/no/Artikler/faremerking/?PageID=74

Konverter fra r-setninger til H-setninger: http://ghs.dhigroup.com/PagesGHS/TranslationTool.aspx

http://www.miljodirektoratet.no/no/Tema/Kjemikalier/Kjemikalieregelverk/Klassifisering-og-merking-av-kjemikalier-CLP/Om-klassifisering-og-merking-av-kjemikalier-CLP/

Kjemisk sikkerhet og din virksomhet - informasjonsplakat fra miljødirektoratet: http://www.miljodirektoratet.no/Documents/publikasjoner/M324/M324.pdf

Innføring i klassifisering og merking av kjemikalier: http://www.miljodirektoratet.no/Documents/publikasjoner/M247/M247.pdf

Plakat med oversikt over klassifisering og merking etter CLP: http://www.miljodirektoratet.no/Documents/publikasjoner/M259/M259.pdf

Databaser

http://echa.europa.eu/information-on-chemicals

http://echa.europa.eu/web/guest/information-on-chemicals/cl-inventory-database

Lenker

Andre grupper og nettsteder

http://www.socializedscience.com/projects1.html

BioHack Academy: https://biohackacademy.github.io/

https://diybio.org/

https://www.facebook.com/groups/diybio/

GenSpace (New York): http://genspace.org/

La paillasse (PAris) http://lapaillasse.org/

http://biocurious.org/

Biologigaragen (København): http://biologigaragen.org/ & https://www.facebook.com/groups/biologigaragen/

https://biohackspace.org/

http://www.diybiogroningen.org/

http://www.indiebiotech.com/

Liste over grupper på DIYbio.org: https://diybio.org/local/

http://biohackingsafari.com/

BioHacklabs.org Wiki: http://www.biohacklabs.org/Main_Page

Robert Carlson: http://synthesis.cc

London Biohackspace: http://biohackspace.org/

HMS

WHO Laboratory Biosafety Manual, Third Edition: http://www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/Biosafety7.pdf

Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 5th Edition, U.S. Department of Health and Human Services: http://www.cdc.gov/biosafety/publications/bmbl5/bmbl.pdf

NTNU - Arbeid med biologiske faktorer: https://innsida.ntnu.no/wiki/-/wiki/Norsk/Arbeid+med+biologiske+faktorer

https://innsida.ntnu.no/wiki/-/wiki/Norsk/Biologiske+faktorer


http://www.reach-chemconsult.com/en/seiten/ghs-konverter.html

http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/14477/title/An-Accident-Waiting-to-Happen-/

Elektroforese:

https://web.stanford.edu/dept/EHS/prod/researchlab/lab/safety_sheets/08-136.pdf

http://www.ab.ust.hk/hseo/tips/ls/ls008.htm

http://ehs.unl.edu/sop/s-electrophoresis_safety.pdf

https://www.admin.ox.ac.uk/safety/policy-statements/s11-07/

http://www.labmanager.com/lab-health-and-safety/2010/05/electrophoresis-safety-tips?fw1pk=2#.V2Wh3_mLRD8

https://www.admin.ox.ac.uk/safety/policy-statements/s11-07/

http://www.di.uq.edu.au/sparq/RAs/SPARQedDNARNAElectrophoresisRA.pdf

Lover og forskrifter

Lover og forskrifter som er lenket til vil ikke nødvendigvis gjelde for aktiviteter ved Bitraf, men kan likevel brukes som en kilde til HMS-relevant informasjon og veiledning:


Norske forskrifter

Forskrift om utforming og innretning av arbeidsplasser og arbeidslokaler (arbeidsplassforskriften) - Kapittel 8. Arbeid i omgivelser som kan medføre eksponering for biologiske faktorer: http://lovdata.no/forskrift/2011-12-06-1356/§8-1

Forskrift om tiltaksverdier og grenseverdier for fysiske og kjemiske faktorer i arbeidsmiljøet samt smitterisikogrupper for biologiske faktorer (forskrift om tiltaks- og grenseverdier) : https://lovdata.no/dokument/SF/forskrift/2011-12-06-1358

Forskrift om utførelse av arbeid, bruk av arbeidsutstyr og tilhørende tekniske krav (forskrift om utførelse av arbeid) -Andre del: Krav til arbeid med kjemiske og biologiske risikofaktorer: https://lovdata.no/dokument/SF/forskrift/2011-12-06-1357/KAPITTEL_2#KAPITTEL_2

Forskrift om begrensning i bruk av helse- og miljøfarlige kjemikalier og andre produkter (produktforskriften): https://lovdata.no/dokument/SF/forskrift/2004-06-01-922#KAPITTEL_1

Merk spesielt §5-1:

§ 5-1.Omsetning og import av meget giftige og giftige kjemikalier til privat bruk Til privat bruk er det forbudt å importere kjemikalier merket med faresymbol og farebetegnelse «meget giftig» eller «giftig» i henhold til forskrift om klassifisering, merking mv. av farlige kjemikalier eller som i henhold til forordning (EF) nr. 1272/2008 om klassifisering, merking og emballering av stoffer og stoffblandinger (CLP-forordningen) skal klassifiseres i fareklasse og farekategori Carc. 1A, Carc. 1B, Muta. 1A, Muta. 1B, Repr. 1A, Repr. 1B, Acute Tox. 1, Acute Tox. 2, Acute Tox. 3, STOT RE 1 eller STOT SE 1. Forbudet mot privat import gjelder ikke for motorbensin eller dieselolje til transportformål som innføres på kjøretøyets drivstofftank eller i godkjente reservetanker

https://lovdata.no/dokument/SF/forskrift/2004-06-01-930

REACH & CLP

1272/2008 EC (CLP): http://eur-lex.europa.eu/LexUriServ/LexUriServ.do?uri=OJ:L:2008:353:0001:1355:en:PDF

Forskrift om klassifisering, merking og emballering av stoffer og stoffblandinger (CLP): https://lovdata.no/dokument/SF/forskrift/2012-06-16-622

http://www.miljodirektoratet.no/no/Tema/Kjemikalier/Kjemikalieregelverk/Klassifisering-og-merking-av-kjemikalier-CLP/Virkeomrade-CLP-avsnitt-I/

Forholdet mellom REACH og CLP:

http://www.miljodirektoratet.no/no/Tema/Kjemikalier/Kjemikalieregelverk/Klassifisering-og-merking-av-kjemikalier-CLP/Forholdet-mellom-REACH-og-CLP/

http://www.miljodirektoratet.no/no/Tema/Kjemikalier/Kjemikalieregelverk/Kjemikalieregelverket_REACH/Unntak/

http://echa.europa.eu/addressing-chemicals-of-concern/restrictions/substances-restricted-under-reach

Offisiell tekst: http://eur-lex.europa.eu/legal-content/en/TXT/PDF/?uri=CELEX:02006R1907-20160401

REACH angir plikter både for produsenter/importører og for "downstream users". "Downstream users" er definert som

"companies or individuals:

within the European Union/European Economic Area, who use a substance, either on its own or in a mixture, in their industrial or professional activities."

Antar at våre aktiviteter ikke vil omfattes av denne definisjonen?

Se også http://echa.europa.eu/regulations/reach/downstream-users og http://www.prc.cnrs-gif.fr/reach/en/user_obligations.html

ECHA Navigator: http://echa.europa.eu/support/guidance-on-reach-and-clp-implementation/identify-your-obligations/navigator

http://www.steptoe.com/assets/htmldocuments/Atlee_-_Downstream_Users.pdf

http://echa.europa.eu/documents/10162/966058/tips_users_chemicals_workplace_en.pdf

REACH database: http://echa.europa.eu/information-on-chemicals/registered-substances

Litteratur

Bøker

Biohackers: The Politics of Open Science: http://www.amazon.com/Biohackers-Politics-Science-Alessandro-Delfanti/dp/0745332803/ref=sr_1_3?s=books&ie=UTF8&qid=1463928520&sr=1-3&keywords=biohacker

Open-Source Lab: How to Build Your Own Hardware and Reduce Research Costs: http://www.amazon.com/dp/0124104622/ref=wl_it_dp_o_pC_S_ttl?_encoding=UTF8&colid=2JXTKSS1LI8NT&coliid=I2AIVHRBOC69DXhttp://www.amazon.com/dp/0124104622/ref=wl_it_dp_o_pC_S_ttl?_encoding=UTF8&colid=2JXTKSS1LI8NT&coliid=I2AIVHRBOC69DX

Biopunk: Solving Biotech's Biggest Problems in Kitchens and Garages: http://www.amazon.com/Biopunk-Solving-Biotechs-Problems-Kitchens/dp/1617230073/ref=sr_1_1?s=books&ie=UTF8&qid=1463930140&sr=1-1&keywords=biopunk

The Machinery of Life: http://www.amazon.com/Machinery-Life-David-S-Goodsell/dp/0387849246/ref=pd_sim_14_5?ie=UTF8&dpID=51ZSNcQ3vrL&dpSrc=sims&preST=_AC_UL160_SR106%2C160_&refRID=156THN5QQ1RD2Q4DQ5XB

Illustrated Guide to Home Biology Experiments: http://www.amazon.com/Illustrated-Guide-Home-Biology-Experiments/dp/1449396593?ie=UTF8&psc=1&redirect=true&ref_=oh_aui_detailpage_o08_s00

Techniques in microbiology - a student handbook: http://www.amazon.com/Techniques-Microbiology-Handbook-John-Lammert/dp/0132240114?ie=UTF8&psc=1&redirect=true&ref_=oh_aui_detailpage_o04_s00

Biology Is Technology: The Promise, Peril, and New Business of Engineering Life: http://www.amazon.com/dp/0674060156/ref=rdr_ext_tmb

Exploring Personal Genomics: http://www.amazon.com/Exploring-Personal-Genomics-Joel-Dudley/dp/0199644497?ie=UTF8&psc=1&redirect=true&ref_=oh_aui_detailpage_o06_s00


The Art of Fermentation: An In-Depth Exploration of Essential Concepts and Processes from around the World: http://www.amazon.com/Art-Fermentation-Depth-Exploration-Essential/dp/160358286X?ie=UTF8&psc=1&redirect=true&ref_=oh_aui_detailpage_o06_s00

Artikler

DIY Bio:

European do-it-yourself (DIY) biology: Beyond the hope, hype and horror: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4158858/

DIYBIOLOGISTS AS ‘MAKERS’ OF PERSONAL BIOLOGIES: HOW MAKE MAGAZINE AND MAKER FAIRES CONTRIBUTE IN CONSTITUTING BIOLOGY AS A PERSONAL TECHNOLOGY: http://peerproduction.net/issues/issue-2/peer-reviewed-papers/diybiologists-as-makers/?format=pdf

http://blogs.plos.org/synbio/2016/05/03/synbio-democratizing-biotechnology/

Synthetic biology: from mainstream to counterculture.: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27316777

DNA barcoding:

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0066213

Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS)region as a universal DNA barcode marker for 

Fungi:

https://www.academia.edu/12648759/Nuclear_ribosomal_internal_transcribed_spacer_ITS_region_as_a_universal_DNA_barcode_marker_for_Fungi?auto=view&campaign=weekly_digest

Hardware:

Edwin: A Robotic Platform for Automated RNA Extraction and Analysis during Reporter Gene–Based Dynamic Characterization of Bacterial Promoters: http://jla.sagepub.com/content/early/2016/06/17/2211068216655151.long

Nyheter

http://www.prnewswire.com/news-releases/genspace-nyc-receives-350000-in-support-from-the-simons-foundation-300237457.html

Kommersielt tilgjengelig utstyr

http://www.edvotek.com/Equipment

http://no.frederiksen.eu/

PCR

"MiniPCR" (Samme pris som ferdigbygd OpenPCR, $650. Ikke DIY): http://www.minipcr.com/product-category/equipment-and-accessories/minipcr-thermal-cycler/

OpenPCR: http://openpcr.org/

Elektroforese og transilluminasjon

DarkReader Blue Light Transilluminator: http://www.clarechemical.com/transilluminator.htm

Spektro-/foto-/fluorometri

Qubit 3.0 fluorometer:https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/Q33216. Listepris 15 340,00 NOK.

Spektrofotometer V1100D: http://no.frederiksen.eu/nettbutikk/felles-laboratorieutstyr/maaleutstyr/spektrofotometer-v1100d. Listepris 5 995,00 kr eks. MVA.

http://www.ebay.com/itm/Visible-Spectrometer-Laboratory-Spectrophotometer-220V-350-1020nm-721-/401130883021?hash=item5d654387cd:g:ONoAAOSwMmBVoPei. Listepris ca. NOK 2,329.51.

Annet laboratorieutstyr

http://no.frederiksen.eu/shop/product/termostatblokk--labnet--digital--enkel

http://no.frederiksen.eu/shop/product/bakteriedyrkingsskap-cultura

Kommersielt tilgjengelige reagenser og forbruksvarer

PCR

http://www.minipcr.com/product-category/minipcr-learning-labs-and-kits/

Elektroforese og transilluminasjon

https://biotium.com/product/gelgreentm-nucleic-acid-gel-stain-10000x-in-water/


http://pearlbiotech.com/

Restriksjonsenzymer

EcoRI:

Gjenkjenningssekvens (plusstråd/komplementær): GAATTC / GAATTC

CfoI:

Gjenkjenningssekvens (plusstråd/komplementær): GCGC / GCGC

HaeIII:

Gjenkjenningssekvens (plusstråd/komplementær): GGCC / GGCC

HinfI:

Gjenkjenningssekvens (plusstråd/komplementær): GANTC/GANTC

https://www.neb.com/products/r0155-hinfi

Relevant litteratur:

Clark et al. Extended stability of restriction enzymes at ambient temperatures. Biotechniques. 2000 Sep;29(3):536-8, 540, 542.: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10997268

Leverandører av utstyr og forbruksvarer

Forbruksvarer og reagenser:

http://www.metabion.com/products/index.php

http://www.the-odin.com/

http://www.geneandcell.com/

http://dongshengbio.com/en/index.asp

http://www.onlinesciencemall.com/ (Selger bl.a. TAE buffer)

http://www.abpbio.com/product/nucleic-acid-solution-quantitation-kits/

Oligomersyntese:

http://macrogen.com/eng/

http://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/articles/biology/standard-dna-synthesis.html

http://www.thermofisher.com/no/en/home/products-and-services/product-types/primers-oligos-nucleotides/invitrogen-custom-dna-oligos.html

Sekvensering:

https://www.gatc-biotech.com/en/products/sanger-services/lightrun-sequencing.html

http://macrogen.com/eng/

http://dna.macrogen.com/eng/support/ces/guide/order_guide.jsp

DIY/Open hardware

http://openwetware.org/wiki/DIYbio:Notebook/Open_Gel_Box_2.0

https://www.bento.bio/

https://www.chaibio.com/

Prosjekter til inspirasjon

http://www.instructables.com/id/DIY-Bio-plastics/

Diverse

http://dna-view.com/

Bioinformatikk

Genomikk

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/grc/info/definitions.shtml

Databaser

GenBank

RefSeq: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/about/

http://www.yeastgenome.org/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

Om NCBI Genome Assembly model: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/model/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4702866/

Referansesekvenser

Gjær

Saccharomyces cerevisiae:

S288C: http://www.yeastgenome.org/strain/S288C/overview#resources

http://downloads.yeastgenome.org/sequence/S288C_reference/genome_releases/

The Reference Genome Sequence of Saccharomyces cerevisiae: Then and Now: http://www.g3journal.org/content/4/3/389.full


Brettanomyces (Dekkera) bruxellensis:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/11901

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_000340765.1

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22663979

Søkeverktøy

NCBI BLAST

Nedlastbare programmer

Artemis

Andre verktøy

In silico PCR: https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr

http://www.complex.iastate.edu/download/Picky/index.html

Biobanker/artskataloger

Spanish Type Culture collection (CECT): http://www.cect.org/english/hongos.php

Organismer

Gjær

Saccharomyces

http://www.klikk.no/mat/spise/article1490066.ece

http://wiki.yeastgenome.org/index.php/What_are_yeast%3F


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3962479/

The Reference Genome Sequence of Saccharomyces cerevisiae: Then and Now: http://www.straininfo.net/strains/317495

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=txid4932[orgn]

https://www.phys.ksu.edu/gene/chapters.html

http://book.bionumbers.org/what-is-the-macromolecular-composition-of-the-cell/

5.8S rRNA: http://yeastmine.yeastgenome.org/yeastmine/report.do?id=1017404&trail=%7C1017404

5.8S rRNA (RDN58-2) at SGD (Lokasjon chrXII:455414..455571)

5.8S rRNA (RDN58-1) at SgD:http://yeastmine.yeastgenome.org/yeastmine/report.do?id=1017401&trail=%7C1017401 (Lokasjon: chrXII:455414-455571 reverse strand)

Chromosome XII context is important for rDNA function in yeast: http://nar.oxfordjournals.org/content/34/10/2914.full

Brettanomyces

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4068659/

https://en.wikipedia.org/wiki/Brettanomyces_bruxellensis

http://femsle.oxfordjournals.org/content/284/2/213

Mesoplasma florum

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Mesoplasma+florum

Protokoller

Se https://bitraf.no/wiki/BioHackerLab/Protokoller

Hentet fra «https://wiki.bitraf.no/w/index.php?title=BioHackerLab&oldid=1992»