Forskjell mellom versjoner av «BioHackerLab»
Hopp til navigering
Hopp til søk
| Linje 1: | Linje 1: | ||
BitLab? BioRaf? | BitLab? BioRaf? | ||
| − | + | = Planlegging = | |
Det har i det siste vært diskusjoner om å starte en egen lab for biologi på Bitraf. Bitraf har allerede medlemmer som jobber med hydroponics/aquaphonics og flere er interessert i ølbrygging. 18 Mai 2016 var [http://www.meetup.com/bitraf/events/230806525/ det første møtet] for folk som er interessert i å starte opp dette. Ønsket er å utvide foreningen med et lokale som egner seg for [https://en.wikipedia.org/wiki/Do-it-yourself_biology Gjør-det-selv-biologi] og Biologi-hacking som retter seg etter norsk lov og de etiske retningslinjene fremsatt av [https://diybio.org/codes/draft-diybio-code-of-ethics-from-european-congress/ European DIYbio Congress]. | Det har i det siste vært diskusjoner om å starte en egen lab for biologi på Bitraf. Bitraf har allerede medlemmer som jobber med hydroponics/aquaphonics og flere er interessert i ølbrygging. 18 Mai 2016 var [http://www.meetup.com/bitraf/events/230806525/ det første møtet] for folk som er interessert i å starte opp dette. Ønsket er å utvide foreningen med et lokale som egner seg for [https://en.wikipedia.org/wiki/Do-it-yourself_biology Gjør-det-selv-biologi] og Biologi-hacking som retter seg etter norsk lov og de etiske retningslinjene fremsatt av [https://diybio.org/codes/draft-diybio-code-of-ethics-from-european-congress/ European DIYbio Congress]. | ||
| Linje 10: | Linje 10: | ||
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1M2TKaHVBQ3iLuV55A8JCwTCzPXx_aNDFoxyzZBgSM8o/edit#gid=0 | https://docs.google.com/spreadsheets/d/1M2TKaHVBQ3iLuV55A8JCwTCzPXx_aNDFoxyzZBgSM8o/edit#gid=0 | ||
| − | + | = Videre jobbing = | |
De av deltakerne som ønsket å jobbe med dette videre delte seg i to grupper som skal jobbe med Mikrobiologi og Utstyr til labben. Mikrobiologi-gruppen har planer for å jobbe med ølbrygging og klassifisering av gjær med [http://openpcr.org/ Open PCR]. | De av deltakerne som ønsket å jobbe med dette videre delte seg i to grupper som skal jobbe med Mikrobiologi og Utstyr til labben. Mikrobiologi-gruppen har planer for å jobbe med ølbrygging og klassifisering av gjær med [http://openpcr.org/ Open PCR]. | ||
| − | + | == Utstyr vi ønsker oss == | |
* OpenPCR | * OpenPCR | ||
* UV-kamera | * UV-kamera | ||
| Linje 33: | Linje 33: | ||
I tillegg trenger vi også møblene til et slikt lokale. I Pløens Gate 4 finnes det ledige lokaler som man etter hvert kan etablere selve Lab'en i, men dette ligger et stykke fremover i tid. Finansiering må på plass før man kan ta over mere areal. | I tillegg trenger vi også møblene til et slikt lokale. I Pløens Gate 4 finnes det ledige lokaler som man etter hvert kan etablere selve Lab'en i, men dette ligger et stykke fremover i tid. Finansiering må på plass før man kan ta over mere areal. | ||
| − | + | ==PCR prosjekt== | |
| − | Hva er PCR? | + | |
| + | ===Hva er PCR?=== | ||
*Polymerase chain reaction/polymerase kjedereaksjon: https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction | *Polymerase chain reaction/polymerase kjedereaksjon: https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction | ||
| Linje 43: | Linje 44: | ||
*Opparbeidet DNA kan (gitt god nok mengde og kvalitet) sendes til nærmere analyse av DNA-sekvensen (sekvensering). | *Opparbeidet DNA kan (gitt god nok mengde og kvalitet) sendes til nærmere analyse av DNA-sekvensen (sekvensering). | ||
| − | Hvorfor gjøre PCR? | + | ===Hvorfor gjøre PCR?=== |
| + | |||
*En aktivitet med relativt lav terskel, med begrenset behov for opplæring, gode muligheter for å lykkes, overkommelige kostnader og få risikomomenter. | *En aktivitet med relativt lav terskel, med begrenset behov for opplæring, gode muligheter for å lykkes, overkommelige kostnader og få risikomomenter. | ||
*En klassisk molekylærbiologi-teknikk. I daglig bruk verden over. Uunnværlig for molekylærbiologisk forskning og medisinsk diagnostikk. Nobelpris-vinnende. | *En klassisk molekylærbiologi-teknikk. I daglig bruk verden over. Uunnværlig for molekylærbiologisk forskning og medisinsk diagnostikk. Nobelpris-vinnende. | ||
*Potensiale for praktiske anvendelser med allmenn interesse. F.eks kontroll av artsopprinnelse for matvarer. | *Potensiale for praktiske anvendelser med allmenn interesse. F.eks kontroll av artsopprinnelse for matvarer. | ||
| − | Hva trengs for PCR? | + | ===Hva trengs for PCR?=== |
| − | |||
| − | |||
| + | '''Fast utstyr:''' | ||
*PCR-maskin/thermocycler. Automatiserer temperaturegulering gjennom reaksjonsforløpet. Temperatur-regulering kan i teorien gjøres manuelt med vannbad ved ulike temperaturer, men dette blir temmelig langsomt og kjedelig | *PCR-maskin/thermocycler. Automatiserer temperaturegulering gjennom reaksjonsforløpet. Temperatur-regulering kan i teorien gjøres manuelt med vannbad ved ulike temperaturer, men dette blir temmelig langsomt og kjedelig | ||
| − | *Mikropipette(r) | + | *Mikropipette(r). Fortrinnsvis minst én automatpipette med justerbart volum i området 1-10 μL. |
| − | *En eller flere | + | *En eller flere flasker til agarose, ca. 250 mL. Fortrinnsvis glass, bør passe i mikrobølgeovn. |
| − | *Mikrobølgeovn | + | *Mikrobølgeovn til oppvarming av agarose, evt. annen varmekilde + magnetrører |
| − | |||
*Gel-elektroforesekammer | *Gel-elektroforesekammer | ||
*Strømforsyning | *Strømforsyning | ||
*Transilluminator m/filter og/eller filterbriller | *Transilluminator m/filter og/eller filterbriller | ||
| − | |||
*Bør ha: Mikrosentrifuge. | *Bør ha: Mikrosentrifuge. | ||
*Bør ha: Kjøleskap/fryser til oppbevaring av reagenser (PCR mastermix bør oppbevares frosset) og lage is | *Bør ha: Kjøleskap/fryser til oppbevaring av reagenser (PCR mastermix bør oppbevares frosset) og lage is | ||
| Linje 66: | Linje 65: | ||
*Kjekt å ha: Liten isoporboks eller lignende til å ha is i, for kjøling av prøver under forberedelse. | *Kjekt å ha: Liten isoporboks eller lignende til å ha is i, for kjøling av prøver under forberedelse. | ||
| − | + | '''Forbruksmaterialer:''' | |
| − | |||
*Eppendorf-rør (plastrør tilpasset mikrosentrifuge, ca. 1.5 mL) | *Eppendorf-rør (plastrør tilpasset mikrosentrifuge, ca. 1.5 mL) | ||
*PCR-rør (plastrør tilpasset PCR-maskin, ca 0.5 mL) | *PCR-rør (plastrør tilpasset PCR-maskin, ca 0.5 mL) | ||
*Pipette-spisser til automatpipette(r) | *Pipette-spisser til automatpipette(r) | ||
| − | Reagenser/kjemikalier: | + | '''Reagenser/kjemikalier:''' |
*PCR mastermix | *PCR mastermix | ||
*TAE buffer, konsentrert | *TAE buffer, konsentrert | ||
*DNA-fargestoff (Riktig type med hensyn til transilluminator) | *DNA-fargestoff (Riktig type med hensyn til transilluminator) | ||
| − | *DNA-ladder ( | + | *DNA-ladder (Blanding av DNA-fragmenter med kjent lengde. Brukes som referanse for lengde/størrelse av DNA-fragmenter ved elektroforese.) |
| − | *DNA loading dye (Viskøs fargeblanding. Kan "hjemmesnekres"? | + | *DNA loading dye (Viskøs fargeblanding til utblanding av PCR-produkt før overføring til agarosegel. Kan "hjemmesnekres"?) |
*Elektroforese-agarose | *Elektroforese-agarose | ||
*DNA-primere (eksperiment-spesifikke) | *DNA-primere (eksperiment-spesifikke) | ||
*Vann, fortrinnsvis destillert. Evt. flaskevann med lavt mineralinnhold. | *Vann, fortrinnsvis destillert. Evt. flaskevann med lavt mineralinnhold. | ||
| − | Sikkerhetsutstyr: | + | '''Sikkerhetsutstyr:''' |
*Vernebriller | *Vernebriller | ||
*Engangshansker | *Engangshansker | ||
| Linje 88: | Linje 86: | ||
*Fortrinnsvis labfrakk | *Fortrinnsvis labfrakk | ||
| − | Sikkerhetsmomenter: | + | ===Sikkerhetsmomenter:=== |
*Strøm gjennom elektroforesekammer (ca. 50-100 V) | *Strøm gjennom elektroforesekammer (ca. 50-100 V) | ||
*Varm agaroseløsning | *Varm agaroseløsning | ||
*Støtkoking eller glasseksplosjon ved oppvarming av agarose i mikrobølgeovn. Unngås ved å begrense effekt/oppvarmingshastighet, begrense tid under oppvarming og aldri varme opp lukkede flasker/beholdere. | *Støtkoking eller glasseksplosjon ved oppvarming av agarose i mikrobølgeovn. Unngås ved å begrense effekt/oppvarmingshastighet, begrense tid under oppvarming og aldri varme opp lukkede flasker/beholdere. | ||
| − | *Potensielt skadelige kjemikalier (eks. Ethidum-bromid, "ETBR") og fargestoff som krever bruk av transilluminator med UV-stråling unngås. Alternativer med lavere risiko brukes, f.eks "GelGreen" fargestoff (brukes med transilluminator med synlig blått lys, redusert fare for øyeskader/solbrenthet). | + | *Potensielt skadelige kjemikalier (eks. Ethidum-bromid, "ETBR") og fargestoff som krever bruk av transilluminator med UV-stråling unngås. Alternativer med lavere risiko og bedre miljøprofil brukes, f.eks "GelGreen" fargestoff (brukes med transilluminator med synlig blått lys, redusert fare for øyeskader/solbrenthet). |
| − | Avfallshåndtering, generelt (avhenger av reagensvalg): | + | ===Avfallshåndtering, generelt (avhenger av reagensvalg):=== |
*Størknet agarose kastes som restavfall. Flytende agarose må ikke tømmes i avløp, da dette vil størkne ved avkjøling. | *Størknet agarose kastes som restavfall. Flytende agarose må ikke tømmes i avløp, da dette vil størkne ved avkjøling. | ||
*Øvrige flytende reagenser kan helles i avløp | *Øvrige flytende reagenser kan helles i avløp | ||
| Linje 100: | Linje 98: | ||
*Utstyr rengjøres med vann etter bruk | *Utstyr rengjøres med vann etter bruk | ||
| − | + | ===Reagenser, mulige leverandører og prisoverslag:=== | |
| − | Reagenser, mulige leverandører og prisoverslag: | ||
PCR-reagenser: | PCR-reagenser: | ||
| Linje 130: | Linje 127: | ||
DNA-primere: | DNA-primere: | ||
| − | + | Macrogen Inc: | |
Ca. 0.2 EUR/basepar (bp) x ca. 30 bp x 2 primere = ca. 12 EUR | Ca. 0.2 EUR/basepar (bp) x ca. 30 bp x 2 primere = ca. 12 EUR | ||
Shipping ca 20 | Shipping ca 20 | ||
Sum ca. 30-40 EUR. (2013-priser) | Sum ca. 30-40 EUR. (2013-priser) | ||
Revisjonen fra 20. mai 2016 kl. 01:05
BitLab? BioRaf?
Innhold
Planlegging
Det har i det siste vært diskusjoner om å starte en egen lab for biologi på Bitraf. Bitraf har allerede medlemmer som jobber med hydroponics/aquaphonics og flere er interessert i ølbrygging. 18 Mai 2016 var det første møtet for folk som er interessert i å starte opp dette. Ønsket er å utvide foreningen med et lokale som egner seg for Gjør-det-selv-biologi og Biologi-hacking som retter seg etter norsk lov og de etiske retningslinjene fremsatt av European DIYbio Congress.
Summary from Bitraf's 1'st MeetUp: https://drive.google.com/file/d/0B5j_-m_-t56rMXNHVVkwVEpUVjg/view
Courses and Equipment: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1M2TKaHVBQ3iLuV55A8JCwTCzPXx_aNDFoxyzZBgSM8o/edit#gid=0
Videre jobbing
De av deltakerne som ønsket å jobbe med dette videre delte seg i to grupper som skal jobbe med Mikrobiologi og Utstyr til labben. Mikrobiologi-gruppen har planer for å jobbe med ølbrygging og klassifisering av gjær med Open PCR.
Utstyr vi ønsker oss
- OpenPCR
- UV-kamera
- Fumehood
- Filter til Fumehood
- Høypresisjons pipetter
- Sentrifuge
- Vortexer
- Fryser
- Elektroforese-kammer
- Varmeskap med shaker
- Mikroskop
- Steam cooker for cleaning (Autoklav?)
- Lab-glass (flasker, rør m.m.)
- Filter-utstyr
- Vekst-medier
- Qubit Spectrometer (or similar)
I tillegg trenger vi også møblene til et slikt lokale. I Pløens Gate 4 finnes det ledige lokaler som man etter hvert kan etablere selve Lab'en i, men dette ligger et stykke fremover i tid. Finansiering må på plass før man kan ta over mere areal.
PCR prosjekt
Hva er PCR?
- Polymerase chain reaction/polymerase kjedereaksjon: https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
- PCR brukes for å kopiere DNA. En PCR-maskin med reagenser er en "kopi-maskin" for DNA.
- PCR kan brukes til å opparbeide (amplifisere) DNA fra naturlige kilder/biologisk materiale for videre bearbeidelse.
- DNA-fragmenter med en kjent sekvens (rekkefølge på nukleotider, "bokstavene" i DNA) i hver ende velges ut og kopieres selektivt.
- Sammensetning og lengde av DNA-tråden mellom start- og sluttpunktet kan variere. Informajson om lengden av DNA-fragmentene (visualiseres ved gel-elektroforese), og om kopiering fant sted (positiv/negativ reaksjon) kan brukes til å gjøre enkle genetiske analyser.
- Opparbeidet DNA kan (gitt god nok mengde og kvalitet) sendes til nærmere analyse av DNA-sekvensen (sekvensering).
Hvorfor gjøre PCR?
- En aktivitet med relativt lav terskel, med begrenset behov for opplæring, gode muligheter for å lykkes, overkommelige kostnader og få risikomomenter.
- En klassisk molekylærbiologi-teknikk. I daglig bruk verden over. Uunnværlig for molekylærbiologisk forskning og medisinsk diagnostikk. Nobelpris-vinnende.
- Potensiale for praktiske anvendelser med allmenn interesse. F.eks kontroll av artsopprinnelse for matvarer.
Hva trengs for PCR?
Fast utstyr:
- PCR-maskin/thermocycler. Automatiserer temperaturegulering gjennom reaksjonsforløpet. Temperatur-regulering kan i teorien gjøres manuelt med vannbad ved ulike temperaturer, men dette blir temmelig langsomt og kjedelig
- Mikropipette(r). Fortrinnsvis minst én automatpipette med justerbart volum i området 1-10 μL.
- En eller flere flasker til agarose, ca. 250 mL. Fortrinnsvis glass, bør passe i mikrobølgeovn.
- Mikrobølgeovn til oppvarming av agarose, evt. annen varmekilde + magnetrører
- Gel-elektroforesekammer
- Strømforsyning
- Transilluminator m/filter og/eller filterbriller
- Bør ha: Mikrosentrifuge.
- Bør ha: Kjøleskap/fryser til oppbevaring av reagenser (PCR mastermix bør oppbevares frosset) og lage is
- Kjekt å ha: Vanndestillator
- Kjekt å ha: Liten isoporboks eller lignende til å ha is i, for kjøling av prøver under forberedelse.
Forbruksmaterialer:
- Eppendorf-rør (plastrør tilpasset mikrosentrifuge, ca. 1.5 mL)
- PCR-rør (plastrør tilpasset PCR-maskin, ca 0.5 mL)
- Pipette-spisser til automatpipette(r)
Reagenser/kjemikalier:
- PCR mastermix
- TAE buffer, konsentrert
- DNA-fargestoff (Riktig type med hensyn til transilluminator)
- DNA-ladder (Blanding av DNA-fragmenter med kjent lengde. Brukes som referanse for lengde/størrelse av DNA-fragmenter ved elektroforese.)
- DNA loading dye (Viskøs fargeblanding til utblanding av PCR-produkt før overføring til agarosegel. Kan "hjemmesnekres"?)
- Elektroforese-agarose
- DNA-primere (eksperiment-spesifikke)
- Vann, fortrinnsvis destillert. Evt. flaskevann med lavt mineralinnhold.
Sikkerhetsutstyr:
- Vernebriller
- Engangshansker
- Varmeisolerende hansker e.l. til håndtering av varm agarose
- Fortrinnsvis labfrakk
Sikkerhetsmomenter:
- Strøm gjennom elektroforesekammer (ca. 50-100 V)
- Varm agaroseløsning
- Støtkoking eller glasseksplosjon ved oppvarming av agarose i mikrobølgeovn. Unngås ved å begrense effekt/oppvarmingshastighet, begrense tid under oppvarming og aldri varme opp lukkede flasker/beholdere.
- Potensielt skadelige kjemikalier (eks. Ethidum-bromid, "ETBR") og fargestoff som krever bruk av transilluminator med UV-stråling unngås. Alternativer med lavere risiko og bedre miljøprofil brukes, f.eks "GelGreen" fargestoff (brukes med transilluminator med synlig blått lys, redusert fare for øyeskader/solbrenthet).
Avfallshåndtering, generelt (avhenger av reagensvalg):
- Størknet agarose kastes som restavfall. Flytende agarose må ikke tømmes i avløp, da dette vil størkne ved avkjøling.
- Øvrige flytende reagenser kan helles i avløp
- Forbruksmateriell av plast med eventuelle reagensrester kastes i restavfall
- Utstyr rengjøres med vann etter bruk
Reagenser, mulige leverandører og prisoverslag:
PCR-reagenser:
DongSheng Biotech: http://dongshengbio.com/en/cpjs.asp?classname=PCR%20Products
Taq Mix: http://dongshengbio.com/en/xxcp.asp?id=330/ http://dongshengbio.com/en/UploadFiles/2012516105050871.pdf
Eksempel-bestilling (2014):
Product Name Cat No Description Qty Unit Unit Price Value
Taq Mix (2x) P2011 1 1ml $8.80 $8.80
Water, nuclease-free P9021 1 5x1ml $2.00 $2.00
PCR and DNA Fragment Purification Kit N1091 1 50preps $20.00 $20.00
50bp ladder M1041 1 50ug $16.00 $16.00
6xDNA Loading Dye M9041 1 5x1ml $4.60 $4.60
shipment viaFedEx $55.00
Total $106.40
DNA-primere:
Macrogen Inc:
Ca. 0.2 EUR/basepar (bp) x ca. 30 bp x 2 primere = ca. 12 EUR Shipping ca 20 Sum ca. 30-40 EUR. (2013-priser)
