Vis kilden til BioHackerLab

BitLab? BioRaf?

== Planlegging ==
Det har i det siste vært diskusjoner om å starte en egen lab for biologi på Bitraf. Bitraf har allerede medlemmer som jobber med hydroponics/aquaphonics og flere er interessert i ølbrygging. 18 Mai 2016 var [http://www.meetup.com/bitraf/events/230806525/ det første møtet] for folk som er interessert i å starte opp dette. Ønsket er å utvide foreningen med et lokale som egner seg for [https://en.wikipedia.org/wiki/Do-it-yourself_biology Gjør-det-selv-biologi] og Biologi-hacking som retter seg etter norsk lov og de etiske retningslinjene fremsatt av [https://diybio.org/codes/draft-diybio-code-of-ethics-from-european-congress/ European DIYbio Congress].

Summary from Bitraf's 1'st MeetUp:
https://drive.google.com/file/d/0B5j_-m_-t56rMXNHVVkwVEpUVjg/view

Courses and Equipment:
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1M2TKaHVBQ3iLuV55A8JCwTCzPXx_aNDFoxyzZBgSM8o/edit#gid=0

== Videre jobbing ==
De av deltakerne som ønsket å jobbe med dette videre delte seg i to grupper som skal jobbe med Mikrobiologi og Utstyr til labben. Mikrobiologi-gruppen har planer for å jobbe med ølbrygging og klassifisering av gjær med [http://openpcr.org/ Open PCR].

=== Utstyr vi ønsker oss ===
* OpenPCR
* UV-kamera
* Fumehood
* Filter til Fumehood
* Høypresisjons pipetter
* Sentrifuge
* Vortexer
* Fryser
* Elektroforese
* Varmeskap med shaker
* Mikroskop
* Steam cooker for cleaning
* Lab-glass (flasker, rør m.m.)
* Filter-utstyr
* Vekst-medier
* Qubit Spectrometer (or similar)

I tillegg trenger vi også møblene til et slikt lokale. I Pløens Gate 4 finnes det ledige lokaler som man etter hvert kan etablere selve Lab'en i, men dette ligger et stykke fremover i tid. Finansiering må på plass før man kan ta over mere areal.

===PCR prosjekt===
Hva er PCR?

*Polymerase chain reaction/polymerase kjedereaksjon: https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction 
*PCR brukes for å kopiere DNA. En PCR-maskin med reagenser er en "kopi-maskin" for DNA.
*PCR kan brukes til å opparbeide (amplifisere) DNA fra naturlige kilder/biologisk materiale for videre bearbeidelse.
*DNA-fragmenter med en kjent sekvens (rekkefølge på nukleotider, "bokstavene" i DNA) i hver ende velges ut og kopieres selektivt.
*Sammensetning og lengde av DNA-tråden mellom start- og sluttpunktet kan variere. Informajson om lengden av DNA-fragmentene (visualiseres ved gel-elektroforese), og om kopiering fant sted (positiv/negativ reaksjon) kan brukes til å gjøre enkle genetiske analyser.
*Opparbeidet DNA kan (gitt god nok mengde og kvalitet) sendes til nærmere analyse av DNA-sekvensen (sekvensering).

Hvorfor gjøre PCR?
*En (relativt) lavterskel aktivitet, med begrenset behov for opplæring, gode muligheter for å lykkes, overkommelige kostnader og få risikomomenter.
*En klassisk molekylærbiologi-teknikk. I daglig bruk verden over. Uunnværlig for molekylærbiologisk forskning og medisinsk diagnostikk. Nobelpris-vinnende.
*Potensiale for praktiske anvendelser med allmenn interesse. F.eks kontroll av artsopprinnelse for matvarer.

Hva trengs for PCR?

Fast utstyr:

*PCR-maskin/thermocycler. Automatiserer temperaturegulering gjennom reaksjonsforløpet. Temperatur-regulering kan i teorien gjøres manuelt med vannbad ved ulike temperaturer, men dette blir temmelig langsomt og kjedelig
*Mikropipette(r) (fortrinnsvis automatpipette med justerbart volum, 1-10 uL)
*En eller flere fasker til agarose, ca. 250 mL (fortrinnsvis glass, bør passe i mikrobølgeovn)
*Mikrobølgeovn (til oppvarming av agarose), evt. annen varmekilde + magnetrører
*Bør ha: Mikrosentrifuge.
*Bør ha: Kjøleskap/fryser til oppbevaring av reagenser (PCR mastermix bør oppbevares frosset)
*Kjekt å ha: Vanndestillator

For visualisering av DNA-fragmenter:
*Gel-elektroforesekammer
*Strømforsyning
*Transilluminator m/filter og/eller filterbriller

Forbruksmateriale:
*Eppendorf-rør (plastrør tilpasset mikrosentrifuge, ca. 1.5 mL)
*PCR-rør (plastrør tilpasset PCR-maskin, ca 0.5 mL)
*Pipette-spisser til automatpipette(r)

Reagenser:
*PCR mastermix
*TAE buffer, konsentrert
*DNA-fargestoff (Riktig type med hensyn til transilluminator)
*DNA-ladder (standard-fragmenter til elektroforese)
*DNA loading dye (Viskøs fargeblanding. Kan "hjemmesnekres"?
*Elektroforese-agarose
*DNA-primere (eksperiment-spesifikke)
*Vann, fortrinnsvis destillert

Sikkerhetsutstyr:
*Vernebriller
*Engangshansker
*Varmeisolerende hansker e.l. til håndtering av varm agarose
*Fortrinnsvis labfrakk

Sikkerhetsmomenter:
*Strøm gjennom elektroforesebad (ca. 50-100 V)
*Varm agaroseløsning
*Støtkoking eller glasseksplosjon ved oppvarming av agarose i mikrobølgeovn 

Avfallshåndtering, generelt (avhenger av reagensvalg): 
*Størknet agarose kastes som restavfall. Flytende agarose må ikke tømmes i avløp, da dette vil størkne ved avkjøling.
*Øvrige flytende reagenser kan helles i avløp
*Forbruksmateriell av plast med eventuelle reagensrester kastes i restavfall
*Utstyr rengjøres med vann etter bruk


Reagenser og leverandører:

DongSheng Biotech:
http://dongshengbio.com/en/cpjs.asp?classname=PCR%20Products

Taq Mix:  http://dongshengbio.com/en/xxcp.asp?id=330/ http://dongshengbio.com/en/UploadFiles/2012516105050871.pdf

Eksempel-bestilling (2014):

Product Name Cat No Description Qty Unit Unit Price Value

Taq Mix (2x) P2011 1 1ml $8.80 $8.80

Water, nuclease-free P9021 1 5x1ml $2.00 $2.00

PCR and DNA Fragment Purification Kit N1091 1 50preps $20.00 $20.00

50bp ladder M1041 1 50ug $16.00 $16.00

6xDNA Loading Dye M9041 1 5x1ml $4.60 $4.60

shipment viaFedEx $55.00

Total $106.40